Por los años finales del reinado de Sancho VII el Fuerte lo poseía Toda Ruiz, hija de don Rodrigo Abarca y, a partir de 1234, fue propiedad de la monarquía navarra, la cual nombraba sus alcaides y cobraba los tributos haciéndose cargo de las reparaciones; dicha propiedad la conservó la Corona hasta 1462 con el paréntesis de los años 1413 a 1428 que perteneció a Godofre; hijo bastardo de Carlos III el Noble, que se tituló primer conde de Cortes.
En 1462 Juan II lo donó a su hijo natural Alonso de Aragón, duque de Villahermosa, cuyo retrato se conserva en una de las dependencias del castillo. En 1533 se convirtió en marquesado, siendo su primer titular don Pedro Enríquez de Lacarra.
El castillo de Cortes está unido a la figura de Carlos III el Noble, quien se hospedó en él frecuentemente con motivo de sus cacerías. El castillo fue escenario de la histórica entrevista entre Carlos III y Martín el Humano, rey de Aragón, cuando éste eligió a Blanca para esposa de su hijo. En él, Fernando el Católico fue nombrado lugarteniente General del Reino para Cortes de Zaragoza en el 1464, como recuerda una lápida incorporada en la fachada.
La construcción, de origen medieval, ocupa un amplio rectángulo amurallado, con jardines en la parte posterior. Como núcleo del mismo tiene un patio rectangular, el patio de armas, en torno al cual se organiza todo el conjunto, situándose la vivienda señorial en el flanco occidental y en el ángulo sureste una torre prismática coronada por almenas y matacanes. Poco tiene que ver con la construcción actual, a no ser la cimentación de la citada torre, sótanos, así como la rampa que conduce desde el Patio de Armas hasta la primitiva puerta de entrada. El castillo tuvo otras torres, lo sabemos por la documentación que fueron reformadas en 1434 y 1447 por los moros tejeros y carpinteros de Tudela, como la Torre del Homenaje, la Torre Blanca y otras dependencias.
En el siglo XVI se remodeló este castillo, adquiriendo aspecto de palacio señorial, iniciándose la obra en el invierno de 1562 hasta 1634 que tiene lugar "la tasación de la fábrica del castillo". El actual recinto amurallado, de mampostería y ladrillo, con macizos torreones semicirculares flanqueando la entrada, fue construido en la Edad Moderna. Con todo, el definitivo aspecto corresponde a la reforma del siglo XIX, como bien delatan los arcos apuntados de algunas ventanas así como el ambiente romántico de los interiores neogóticos. Cuando se coloco sobre la portada principal un blasón barroco jaquelado, de la familia Jaureguizar.
El castillo de Cortes guarda en su interior una colección de pinturas al óleo, de diferentes épocas, estilos y escuelas que cronológicamente abarcan del siglo XVI al XIX.
La pieza cumbre es un retrato de Alonso de Aragón del último tercio siglo XVI; forma parte de la colección de retratos de la familia que Rolán de Mois - pintor de origen flamenco y uno de los miembros más representativos de la escuela aragonésa de la época-ejecutó para el Duque de Villahermosa, su protector.
