Según cuenta la historiografía, en este templo estaba enterrado Hércules, mítico fundador de Cádiz, a la que llegó para realizar uno de sus doce trabajos: el robo de los toros del rey Gerión de Tartessos, al que mató durante la realización de la hazaña. Además de los restos de Hércules, el Heraklion contenía importantes reliquias, como el cinturón de Teucro o el árbol de Pigmalión.
Su fama se extendió por todo el Mediterráneo y numerosos escritores clásicos como Estrabón, Filóstrato y Posidonio narran la visita de personajes ilustres, como Amílcar Barca, Aníbal o Julio César; siendo este templo donde Aníbal ofreció al dios sus votos antes de emprender la conquista de Italia o donde Julio César lloró ante la estatua de Alejandro Magno, pues, a sus treinta y dos años, aún no había alcanzado la gloria del Macedonio.
A partir del siglo XV, gracias a su estratégica situación entre el Estrecho de Gibraltar y la desembocadura del Río Guadalquivir, comienza a construirse el Castillo Sancti Petri, el cual sirvió de bastión para defender la ciudad y el puerto de Cádiz desde el siglo XVII al siglo XIX.
A la vista desde esta mítica isla se encuentra lo que queda del que, hasta 1972, fue un activo poblado, base de una de las más famosas almadrabas de la costa andaluza del Atlántico.