En la venta del Señorío y hacienda de Villalobar de Rioja realizada en 1389 por parte de Doña Sancha Ruiz de Rojas en primera instancia y por las hijas de Gonzálo García de Salazar, en segunda, a la ciudad de Santo Domingo de la Calzada, refrendada por Juan II en 1418, no se menciona esta torre.
La primera noticia de ella data de la época de los Reyes Católicos, por la que se sabe que fue donada al Monasterio de San Miguel de la Morcuera por Doña María Manrique de Quiñónez, viuda de Pedro Suárez de Figueroa.
En 1514, la Corona obligó a dicho monasterio a vender la torre a la ciudad de Santo Domingo de la Calzada en el precio de 80.000 maravedíes, pagando la ciudad la mitad y asumiendo la otra mitad la Corona, mediante la exención a ésta de las penas de cámara.
Durante los siglos XVII y XVIII la torre perteneció a la familia Samano y en los siglos XIX y XX tuvo varios dueños. La torre fuerte de Villalobar es de planta cuadrada y 11 metros de longitud. Sus muros norte y oeste tienen un grosor de 1,20 metros, el este de 1 metro y el sur de 0,83 metros. Está cubierta por tejado de cuatro vertientes. Posee una sencilla cornisa sobre canes de modillones de dos rollos.
Actualmente tiene sótano o bodega, planta baja y tres pisos sobre vigas de madera. Aunque ahora la puerta de ascceso se encuentra en la planta baja, en el lado oeste, la primitiva tenía esa misma orientación pero se abría en el primer piso y hoy está cerrada al haberse adosado un edificio a la torre.
Los únicos vanos originales se conservan en las caras norte y este, y son una ventana rectangular apaisada con dintel de intradós, ligeramente arqueado en el primer piso, al norte, y otras dos ventanas de menor tamaño, con dintel en arco apuntado en el tercer piso, en los lados mencionados. En el muro sur se abrieron posteriormente en los distintos pisos cuatro vanos adintelados.
La torre tiene adosado al este un rectrapezoidal defendido por una cerca de sillería de un solo haz, de 2,60 metros alto el norte y 3 metros el sur.
El interior de la torre ha sido modificado ya que los actuales forjados no corresponden al exterior con los vanos originales. Está construida en sillería.
Bajo la protección de la Declaración genérica del Decreto de 22 de abril de 1949, y la Ley 16/1985 sobre el Patrimonio Histórico Español.(Toda La Rioja)