Las primeras noticias históricas datan del año 1202, en un documento de apeo y separación de términos entre Valladolid y Peñaflor. En 1205 Alfonso VIII le otorga el fuero de Olmedo, por virtud del cual se convierte en Villa, con autonomía local propia, quedando bajo su jurisdicción las aldeas menores de Villafruela, San Salvador y Quiñón, situación que se prolonga hasta el año 1255, cuando Alfonso X sometió a Peñaflor de Hornija y sus aldeas al concejo de Valladolid.
La villa fue plaza fortificada con muralla y contó con una gran importancia tanto estratégica como defensiva durante el medievo. En 1465, en el marco de la contienda entre el rey Enrique IV y la nobleza, la villa fue tomada y sus murallas arrasadas por los nobles rebeldes. En el año 1520, durante la guerra de las Comunidades, las tropas imperiales saquearon la villa y acabaron de derrumbar sus murallas. Al año siguiente, parten de Peñaflor los ejércitos de Carlos V tras las tropas comuneras, a las que derrotan en los campos de la localidad de Villalar. En 1664, el territorio de Peñaflor queda exento y apartado de la jurisdicción de Valladolid, proclamándose villa «de por sí y sobre sí» con jurisdicción, señorío y vasallaje.
Las fiestas patronales se celebran el tercer domingo de septiembre en honor al Cristo de las Eras. Destacan también el Corpus Christi, la Santísima Trinidad y el Rosario, con sus respectivas cofradías, que cuentan con un gran arraigo, así como con una importante tradición.
El Norte de Castilla