El periodo más importante de la historia de la ciudad comienza en 1224, cuando se convirtió en e l centro del reino independiente de Ibn Hud ( muerto 1238), que se autoproclamó señor de la mayor parte de Al-Ándalus oriental, incluyendo Córdoba, tras la desintegración del poder de los almohades. Sin embargo, la aguda inestabilidad política tras su muerte y la amenaza militar de Castilla y Aragón llevó a Abu Bakr ibn Hud a someter su reino a Fernando III d e Castilla en 1243.
En 1264 hubo una rebelión local que tuvo éxito, en alianza con los nazaríes, pero la ciudad fue forzada a rendirse a Jaime I d e Aragón que la devolvió a su yerno castellano Alfonso X. Este último expulsó a la mayoría de la población musulmana y la repobló con catalanes. Hasta la caída de Granada en 1492 permaneció como fortaleza fronteriza; la masacre de la población cristiana de Cieza (40 km al noroeste de Murcia) en una incursión nazarí en 1449 indica la necesidad de continuar con unas defensas fuertes.
El principal legado de la presencia islámica en Murcia son los cimientos de una pequeña pero importante parte del sistema defensivo del siglo XII. Se ha establecido que existió a finales del siglo XII un poderoso conjunto de murallas alrededor de la ciudad, gracias a las referencias escritas tanto musulmanas como cristianas, y a la existencia de documentos administrativos que describen varias relaciones y restauraciones en los siglos XIV y XV. Las excavaciones, desde 1963 a 1965, descubrieron parte de la muralla del siglo XII, una torre y parte de una segunda muralla exterior del mismo siglo en la plaza de Santa Eulalia. También se descubrieron restos de una torre y de la muralla pertenecientes a una refortificación del siglo XV, que se eleva unos 4 m frente a la anterior puerta de entrada. La barbacana almohade (siglo XII) tenía la forma de una proyección rectangular que salía de la muralla exterior. Esta última contaba con una entrada con dos arcos, pero con sólo una puerta central al exterior. En el siglo XV ésta fue muy refortificada por la construcción de dos grandes torres unidas enfrente de la salida de la muralla exterior y la creación de dos puertas entre ellas, una frente a la otra paralelas a la muralla. El otro descubrimiento significativo de las excavaciones fue la presencia en la misma localización de un cementerio islámico de los siglos X-XI. Como sobre él se construyó la muralla almohade, y debió de haber estado originalmente fuera del perímetro de la ciudad, está claro que existió una muralla anterior, mas pequeña, dentro del área de la última.
El Museo de la Muralla Árabe, antaño en la plaza de Santa Eulalia, parece haber sido cerrado, y la cerámica y los demás hallazgos de las excavaciones se encuentran en la sección de arqueología del Museo de Murcia.