En el siglo VI se refugian en ella los nobles Cántabros sublevados contra los visigodos. Conquistada la villa por el rey Leovigildo, acuña monedas con su efigie y la leyenda "Leovigildus Rex Saldania Justus" para recordar este hecho.
La ocupación del castillo por los musulmanes y posterior conquista por Alfonso I tras un duro asedio, hacen que el lugar quede dentro de una amplia zona despoblada al trasladarse sus habitantes a tierras cántabras.
Con la repoblación posterior de la comarca y el asentamiento de la villa en su actual emplazamiento, el rey Ramiro II establece el condado de Saldaña, siendo su primer conde Sancho Díaz, quién al igual que su aliado el conde castellano Fernán González, siempre se mostró rebelde con los reyes leoneses, lo que motivó que fueran encarcelados en 944.
Con la unión del condado de Saldaña al de Carrión, pasan a pertenecer a los Beni Gómez, quienes establecen la capital en Saldaña. En 995, durante una de sus campañas militares, Almanzor destruye la fortaleza y su iglesia de Santa María del Castillo.
Posteriormente, en la primera mitad del siglo XI, fue reconstruido y ampliado, como confirma la prueba de carbono 14 realizada sobre los restos de una viga. Mantiene su importancia estratégica y es centro de intrigas y disputas sucesorias. En 1126 fallece en la localidad, puede que en el castillo, la reina doña Urraca de Castilla, en circunstancias no muy claras para los historiadores.
Dos años mas tarde, en noviembre de 1128, fue escenario de la boda del rey Alfonso VII con doña Berenguela de Barcelona, celebrándose como parte de los festejos una corrida de toros, la primera que se conoce en la historia taurina de España.
La merindad de Saldaña llegó ha estar formada por 193 pueblos y lugares hasta su disgregación debido al proceso de señorialización de la misma. Durante los años 1136 a 1154, ocupa el cargo de merino del rey Diego Muñoz. Por el tratado de Medina de Rioseco firmado en 1181 entre los reinos de Castilla y León, el castillo figura entre los puestos en manos del maestre de Santiago como garantes de la paz.
Juan Alfonso de Alburquerque figura a mediados del siglo XIV como señor de Saldaña, recibía anualmente 8 dineros de cada vasallo por el solar que habitaba. También cobraba seiscientos maravedís por yantar y cuatrocientos cuarenta por martiniega.
Tras enfrentarse a Pedro I, su patrimonio pasa a la Corona y más tarde a varios señores hasta que en 1452 pasa a Iñigo López de Mendoza, Marqués de Santillana, después de permutar con el Obispo de Ávila la villa de Coca por Saldaña.
En el tercer cuarto del siglo XV pertenece a Diego Hurtado de Mendoza, I Duque del Infantado desde 1475, periodo en el que los alcaides del castillo nombrados por él dieron constantes motivos de queja al concejo debido a los abusos que cometían al encontrarse lejos de su señor. En 1479 los Reyes Católicos conceden el título de Conde de Saldaña a Iñigo López de Mendoza, II Duque del Infantado, para que fuera usado por los primogénitos de dicha casa. También dan varias disposiciones para potenciar ferias y mercados, institucionalizando Diego Hurtado de Mendoza el mercado de los martes en 1502.
La población en 1751 ascendía a 172 vecinos seglares, contando dos viudas y solteras de casa abierta por un vecino. Formaban el caserío 185 casas habitables, tres inhabitables, además de la casa del Ayuntamiento y la usada como cárcel.
Al igual que otras localidades, Saldaña figura como lugar de nacimiento del mítico Bernardo del Carpio. Así, el padre Mariana en su Historia General de España (siglo XV) señala que nace en este castillo, fruto de los amores ilícitos entre el conde Sancho Díaz y Doña Jimena, hermana del rey leones Alfonso II el Casto, quién al enterarse del hecho encierra al conde en el castillo de Luna (León) hasta su muerte y enclaustra a su hermana en un convento del que no volvió a salir.
(Castillos de Palencia)