Sin embargo, como tantas ciudades de Castilla, declinó hasta quedar prácticamente abandonada durante los tiempos de la ocupación musulmana, cuando se encontraba en lo que era muy habitualmente tierra de nadie. Ello propició que gran parte de sus piedras se usasen como materiales de construcción en la cercana plaza fuerte de Zorita.
Las excavaciones del yacimiento comenzaron a mediados del siglo XX y han dado grandes frutos. En la actualidad, en el Parque Arqueológico de Recópolis pueden visitarse los restos de monumentos como la basílica visigoda (que muestra indicios de su uso posterior en época islámica y de nuevo como iglesia cristiana durante la Reconquista) o un conjunto palatino en el que se encontraban los aposentos reales y que funcionaba como centro administrativo. También se ha creado una original «Ruta del paisaje visigodo» para que el visitante comprenda por sí mismo la importancia estratégica del lugar y conozca además su riqueza vegetal y faunística.