Su origen es incierto, ya que aunque tradicionalmente se ha atribuido su construcción a Alonso Pérez de Guzmán "el Bueno", estudios recientes lo sitúan en una época posterior, posiblemente el siglo XV. El castillo original tendría reducidas dimensiones, escasos vanos y una única planta.
Entre los siglos XVI y XVIII se ejecutaron obras importantes en el Castillo que modificaron su distribución (interna y externa), y que dieron lugar a una nueva división de los espacios, nuevos vanos y una segunda planta.
Según los registros públicos, se demuestra que el Castillo ha tenido diferentes usos a lo largo de la historia. Así por ejemplo, sirvió de sala capitular del consistorio chipionero, residencia del párroco de la villa (según actas capitulares del siglo XVII), cárcel local durante los primeros años del siglo XVIII, cuartel de la Guardia Civil a finales del siglo XIX y hotel durante los siglos XIX y XX.
Durante el siglo XIX Chipiona se convirtió en un importante enclave turístico para las clases adineradas, teniendo su antecedente más notable en los duques de Montpensier, que hicieron de Chipiona una localidad de veraneo y balneario para la aristocracia. Fue en estos momentos cuando el Castillo toma su fisonomía actual, adaptándose al uso hotelero. A esta fase corresponden las transformaciones más drásticas realizadas al edificio, ampliando su planta, fraccionando su interior e incorporando la torre.
Una de las intervenciones que conocemos tuvo lugar en 1922, con motivo de la estancia en el Castillo, durante más de cinco años, de SS. AA. D. Carlos de Borbón y Dña. Luisa de Orleáns. La principal obra fue la subida de cubiertas. Dña. María de las Mercedes de Borbón, madre del actual rey, también residió en el Castillo, según relata en sus memorias "Yo, María de Borbón". A partir de la estancia de la familia real, volvería a utilizarse como hotel hasta el año 1989.
El Castillo fue declarado como Bien de Interés Cultural en el año 1985, y en el año 2000 el Ayuntamiento lo incorpora al patrimonio municipal, inaugurándose el 30 de abril de 2009.
(Turismo de Chipiona)