Poco después, en la misma centuria, este último reino conquistó el castillo de Fuentelsaz. Cuando todo el Común de Molina se levantó en armas contra Beltrán Duguesclín, que lo había recibido en señorío de Enrique II de Castilla, Fuentelsaz se resistió pero finalmente se entregó también al rey de Aragón.
En el siglo XV, cuando las guerras de Juan II con sus primos los navarros, Fuentelsaz y su castillo jugaron, por su carácter fronterizo, un papel crucial.
Finalmente, en el siglo XIX, y en el transcurso de la primera de las guerras civiles o «carlistas», fue dinamitado y hundido. Igual suerte corrieron archivos, actas de bautismo, matrimonio y defunción.
Hoy sólo queda de él una mínima expresión de muros bajos. Los antiguos cronistas dicen que esta fortaleza era de las más relevantes de Molina, de gran altura, numerosas torres y de fuertes pertrechos y defensas.