El aspecto que presenta en la actualidad, con un total de quince torres y un espigón saliente o “canapé”, es consecuencia de una serie de transformaciones a lo largo de los siglos, siendo de singular importancia la que se dio a partir de 1617 con la construcción del nuevo templo de la Stma. Cruz, las que tuvieron lugar con motivo de la Guerra de la Independencia contra los franceses (incorporándose el “canapé” a costa de dos torres) y la última, de la segunda mitad del XX que eliminó construcciones anteriores.
Su primera edificación, de origen musulmán, puede remontarse a los siglos X u XI constando a finales del XV de un recinto amurallado, de planta elíptica (más o menos similar a la actual), con única puerta mirando al Poniente, que configuraba un “albacar”, “albacara” o plaza de armas (explanada actual). A su vez, dentro de este recinto amurallado había otro, de planta poligonal, con torres, protegido con una antemuralla y un foso. Esta era la edificación señorial principal hasta el tercer cuarto del siglo XV. Este último recinto fue destruido en el siglo XVII al construirse el actual templo de la Vera Cruz y la edificación anexa o casa del capellán.
Actuaciones arqueológicas han puesto al descubierto, en el subsuelo del referido edificio, todo el costado norte de este castillo interior y parte del frente oeste, mostrándose tres torres, además de un paño completo de la llamada Torre Chacona, la de mayor antigüedad de las exhibidas en el recinto mayor, almenada. Todo ello es directamente observable y visitable en la actualidad al realizar el recorrido del museo de la Vera Cruz.
En la explanada actual, en plena Edad Media, está documentada la presencia de dos aljibes, la casa del alcaide y el que pudo ser el templo más antiguo de la Villa: la ermita de Santa María la Real o del Castillo.
Los aljibes medievales se han conservado perfectamente, siendo las construcciones íntegras más antiguas de las atesoradas en la fortaleza y con uso casi hasta nuestros días. Se trata de recintos abovedados de planta rectangular con juegos de pilares, arcos y bóvedas, uno de los cuales, el hoy denominado aljibe norte, se hallaba bajo la ermita de Santa María la Real. Su misión, conjuntamente con un tercero existente en el recinto amurallado interior, era la de acumular agua de lluvia y abastecer a las guarniciones de la fortaleza en situaciones normales y en previsibles asedios.
La casa del alcaide servía de morada al jefe de la guardia y defensa de la fortaleza, representante del Comendador de la Orden de Santiago en la misma. Sobre ella y en su entorno surgieron otras edificaciones que estuvieron habitadas hasta el primer tercio del siglo XX, convirtiéndose después en escuelas públicas que fueron demolidas en la remodelación de los años sesenta, ya referida. La ermita de Santa María la Real o del Castillo parece remontar su origen al periodo de presencia templaría, siendo la primera iglesia parroquial de la villa.
Era un edificio pequeño, según descripciones hechas por la Orden de Santiago en sus “visitaciones” a la fortaleza, de nave única, con muros de argamasa y cubierta de madera. Sucumbió ante las edificaciones, existentes hasta el siglo XX con transformaciones y ampliaciones, que ya hemos referido.