Tras su reconquista cristiana por capitulación el 24 de agosto del año 1240 se convirtió la mezquita privada de la antigua alcazaba musulmana en capilla cristiana bajo la advocación del Apóstol San Bartolomé, conservando el arco de acceso en forma de herradura hasta su demolición en los primeros años del Siglo XX.
Durante la Edad Media constituyó un temido bastión fronterizo con el reino de Granada, época de la que la localidad conserva su escudo de armas consistente en cinco cabezas de moros.
En sus estancias se alojaron importantes personalidades, como los Reyes Católicos, el Cardenal Cisneros, el Condestable don Álvaro de Luna y, sufriendo prisión, Gonzalo Fernández de Córdoba, el Gran Capitán, y el propio Boabdil, apodado el Chico, rey de Granada, que según el romancero permaneció un tiempo en la torre de las Arqueras tras ser capturado en la batalla de Lucena o del Arroyo de Martín Gonzalo. En esta misma torre se conservaron hasta su destrucción, por acción del tiempo, las banderas y estandartes que se arrebataron a los musulmanes en la referida batalla y que, eran sacadas en procesión en la localidad cada año el día de San Jorge, recordando que en dicha onomástica tuvo lugar en el año 1483 tan singular hecho de armas.
Desde finales del Siglo XVI el palacio que se había construido en las antiguas estancias de la alcazaba pasó a ser residencia de los administradores de los duques de Sessa y Baena que, en sus distintas ramas, fueron propietarios del inmueble hasta el año 1897.
Tras pública subasta se vendió como cantera de materiales de derribo, pasando en las primeras décadas del Siglo XX a manos de los Sres. de Prado, que ya lo adquirieron derribado.
A mediados del siglo pasado el Ayuntamiento de Baena empezara a hacer uso de las ruinas del castillo y ha instalado en ellas depósitos de abastecimiento de agua. La construcción en el año 2001 de unos aparcamientos subterráneos en el albacar destruyó los restos del antiguo aljibe y algunos pasadizos subterráneos.
Declarado Bien de Interés Cultural con la categoría de Monumento el 22/04/1949. Bajo la protección de la Declaración genérica del Decreto de 22 de abril de 1949, y la Ley 16/1985 sobre el Patrimonio Histórico Español. En el año 1993 la Junta de Andalucía otorgó un reconocimiento especial a los castillos de la Comunidad Autónoma de Andalucía.
(Cordobapedia)