En el yacimiento se han hallado restos de ocupación humana ocasional de época calcolítica. El primer asentamiento que hubo con continuidad fue un poblado de inicios de la Edad de Hierro, de finales del siglo VII a.C., del cual se conocen básicamente los materiales arqueológicos.
El primer poblado ibérico de Ullastret data de mediados del siglo VI a.C., y ya en la segunda mitad de este siglo se fortificó con una muralla reforzada por siete grandes torres. Durante la primera mitad del siglo IV a.C. el poblado se amplió hasta triplicar casi la superficie amurallada. Su organización urbana es la propia de un oppidum -poblado fortificado en altura-, con calles adaptadas a las pendientes y las irregularidades del suelo.
El poblado experimentó diversas fases de reurbanización de las cuales la más conocida es la del momento de ampliación, que comportó una importante obra de acondicionamiento con la que se habilitaron tres terrazas para la implantación de nuevos barrios y la construcción de grandes casas pertenecientes a familias aristocráticas. También se conocen diversas obras públicas importantes como los templos y las cisternas, claro ejemplo de la compleja organización social de la comunidad. El poblado dominaba un amplio territorio del que se explotaban los recursos económicos, especialmente la agricultura y la ganadería y, también, las minas y las canteras. Comerciaban con las comunidades indígenas cercanas y, a través de la colonia griega de Empúries, con griegos y fenicio-púnicos.
Con la llegada de los romanos durante la Segunda Guerra Púnica, se inició un proceso de transformación en el sistema de ocupación y explotación económica del territorio que condujo al abandono forzoso del sitio a inicios del siglo II a.C. En época carolingia, en la cumbre de la colina, se construyó un castillo del que se conservan restos de la muralla y las torres. En los siglos XVI y XVII hubo una ermita dedicada a Sant Andreu y, posteriormente, una casa de labranza.
Unos 500 m. al nordeste del yacimiento de Puig de Sant Andreu se encuentra el poblado de la Illa d'en Reixac, coetáneo y con el que constituyeron una única comunidad.
Puig de Sant Andreu forma parte de la Ruta de los Íberos.