Al topónimo Alcoba, de origen árabe, se le atribuyen varios significados dependiendo del autor, siendo el más generalizado el de torre o cubo. Asín Palacios lo traduce por la cúpula; F. Cañes (1787) asocia Alcoba con Al Kobba, cuarto abovedado, y en latín cubículum.
Guillermo García indica un significado de aljibe (tinaja, cueva, cubículo, cuba), capilla (cripta) o torre (Alcoba de la Torre = Torre de la Torre, duplicidad bastante común en los topónimos de origen árabe).La historia de esta población está unida a la ocupación árabe de la península y su posterior reconquista, como lugar estratégico en la frontera del Duero, y al estar situada muy próxima a la calzada romana de Uxama (Osma) a Clunia (Coruña del Conde, Burgos). Así, se tiene constancia de que en 985 Almanzor castiga a los pobladores de la villa por haberse sublevado, y que en 989, tras el intento fallido de tomar en agosto San Esteban de Gormaz, favorecido por la traición de su hijo, Almanzor toma Osma y pone sitio durante dos meses a Alcoba, tomándola finalmente y prácticamente destruyéndola.
Perteneció al arciprestazgo de San Esteban de Gormaz y al señorío secular del marqués de Torreblanca.