La Clunia celtibérica
En época celtibérica los habitantes de esta zona formaban parte de las tribus arévacas y se albergaban en pequeños núcleos de población situados en lugares altos y de fácil defensa como lo atestiguan, entre otros, los restos que se encuentran en el Alto del Cuerno, frente a la meseta que actualmente ocupa la ciudad de Clunia y en otros altos próximos.Los indígenas llamaban a este territorio Clounioq, que posteriormente derivará en Clunia. No se conoce el emplazamiento de la ciudad arévaca, hasta la fecha en el Alto de Castro solo se ha localizado restos romanos y siempre de cronologías a partir del cambio de era. Estela celtibérica documentada por Loperráez.La Clunia romana
Desde el reinado de Tiberio (14-37 d. C.) Clunia debe contar con el estatuto de municipio romano pues, con este emperador, acuña monedas, ases y semiases con su efigie y los nombres de los magistrados de la ciudad, quattuor viri y aediles. Por Plinio sabemos que es capital de convento jurídico a mediados del S. I d. C. Como tal capital, pasa a ser el centro jurídico y religioso de un amplio territorio con el que se comunica por medio de importantes vías que pasan por la ciudad o próximas a ella.Ptolomeo (s. II) la cita como colonia por primera vez con su nombre completo Colonia Clunia Sulpicia. Por este autor y por Plinio conocemos la extensión del convento que comprendía la cuenca alta del Ebro con la salida al Cantábrico y la cuenca alta y media del Duero. A lo largo del s. I d. C. se sucede la construcción de edificios públicos sin atender a una trama urbana organizada. El Teatro, la Casa 1 y el edificio de Las Paredejas comparten orientación, distinta a la que comparten la Casa 3 y las termas de Los Arcos I, mientras que el Foro, el Edificio Flavio y Los Arcos II tienen, cada uno de ellos, su propia orientación. Da la impresión que la decisión de convertir Clunia en capital de convento, va acompañada de una serie de intervenciones arquitectónicas que lo hagan posible y que explicarían la magnitud de los edificios públicos. Pero por lo que sabemos a partir del S. II la vida en la ciudad no se desarrolla como estaba previsto: por causas que se nos escapan, la ciudad inicia un drástico proceso de transformación que parece buscar, una adaptación a una nueva situación, desligada de fastos e intereses imperiales y sin duda más preocupada de pervivir, contando solamente con sus posibilidades y respondiendo a sus propios intereses. Estos cambios deben entenderse como una reconversión que, a juzgar por la circulación monetaria y cerámica, fue un éxito hasta el s. V y, entre otras cosas, se hizo a costa del urbanismo, la arquitectura y las estructuras domésticas de la ciudad del s. I.
Los testimonios arqueológicos documentan la continuidad de la ciudad hasta fines del s. VII pero su importancia en época visigoda decae, como parece demostrar su desaparición de las fuentes literarias, la carencia de ceca y la instauración de una sede episcopal en la vecina Uxama. Puede considerarse que en el 222 la ciudad sigue manteniendo la capitalidad del convento a pesar de su degradada situación urbana. Acaso esta sigue siendo una de las causas por las que puede enfrentarse con éxito a los siglos III-IV y V. Clunia a pesar de su temprana cristianización, como demuestra la necrópolis alrededor de la Ermita de Castro, no consigue ser sede episcopal, pero algún papel siguió desempeñando en el territorio del antiguo convento, acaso redefinido y dimensionado de una forma más acorde con los nuevos tiempos. Parece pues que, por lo menos hasta la llegada de Castilla al Duero, Clunia mantiene cierto grado de capitalidad en la administración de los nuevos territorios. Con el tiempo el Alto de Castro pasó a propiedad de la Iglesia. A ello debió contribuir la devoción a la Virgen que se ha mantenido hasta el presente y que tiene un ilustre precedente en Santo Domingo de Guzmán. A lo largo de esos años los edificios de la ciudad se utilizaron de cantera pero de una forma controlada, al precisarse el consentimiento de la iglesia para extraer piedras. Entre la primera y segunda desamortización las tierras pasan a manos de particulares, acelerándose el saqueo hasta que toda la plataforma se convirtió en campos de cultivo.