La construcción de la nueva fábrica se inició en el año 1676. A lo largo de sus obras, prolongadas hasta los primeros años del siglo XIX, los monjes contaron con el asesoramiento de numerosos profesionales, siendo fundamental la labor del arquitecto zaragozano Miguel Ximenez, quien diseñó este conjunto monástico. La traza del edificio constituye uno de los ejemplos más perfectos y evolucionados de la arquitectura monástica en la Edad Moderna, por su simetría, por la multiplicación de sus claustros y por la organización racional que poseía el proyecto original, el cual, lamentablemente, nunca se pudo llevar a cabo en su totalidad.
La fachada de la iglesia es uno de los aspectos más interesantes del monasterio barroco. Destaca especialmente su exuberante decoración vegetal basada en roleos, diferentes tipos de flores, hojas de acanto y tallos, aunque también encontramos formas figuradas como cabezas de puttis y dos ángeles sujetando un singular escudo en la parte superior. En sus hornacinas se incluyen tres santos muy vinculados con los monjes que vivieron entre estos muros. En la portada central se representó a San Juan Bautista (patrón de esta comunidad), a la izquierda a San Indalecio (advocación de la pradera en la que se levanta el edificio), y a la derecha a San Benito (fundador de la orden monástica que se profesaba en San Juan de la Peña).
Las dependencias fueron abandonadas en el año 1835 y desde entonces el edificio comenzó a deteriorarse progresivamente quedando, ya a mediados del siglo XX, en un lamentable estado de ruina. Tras una profunda rehabilitación, acometida por el Gobierno de Aragón, el Monasterio Nuevo de San Juan de la Peña alberga en su interior el Centro de Interpretación del Reino de Aragón, el Centro de Interpretación del Monasterio de San Juan de la Peña y una Hospedería, perteneciente a la Red de Hospederías de Aragón, con categoría de hotel de cuatro estrellas.