En el siglo XVI, el edificio medieval se hallaba en mal estado, por lo que se derribó y se realizó una nueva obra gracias a una donación de Fernando el Católico en 1514. Los arquitectos designados para esta obra fueron: Juan de Orozco (iglesia), Martín de Villarreal (fachada) y Juan de Badajoz, el Mozo (claustro y sacristía). Sin embargo, hasta bien entrado el reinado de Carlos I no se inició la nueva obra.
Se sabe que en 1537 se construyó el lienzo de la fachada principal del convento desde la entrada hasta la iglesia, que fue consagrada en 1541. En los años siguientes, Orozco colocó las esculturas de la fachada, se realiza el coro, y en 1549, Juan de Badajoz terminó la sacristía.
Los trabajos fueron suspendidos en 1566 por el traslado de la comunidad a Calera y luego a Mérida, pero el regreso de los frailes a San Marcos en 1602 dio impulso a la continuación de la obra. En 1615 se construyó la escalera y en 1679 se concluye la parte del claustro que aún faltaba. Finalmente, entre 1711 y 1715 se realiza una gran ampliación del edificio, levantándose otro lienzo que va desde la entrada principal hacia el río, hasta rematar en la torre palaciega. Este nuevo lienzo imita perfectamente el construido en el siglo XVI, no notándose apenas diferencia artística entre ambas mitades de la fachada.
(Wikipedia)