Sus orígenes son tan antiguos que en su término municipal se han encontrado restos del Neolítico y la Edad de Bronce. Entre los pueblos que lo han ocupado están:
MUSULMANES: el tesorillo encontrado en los años 30 de dirhans de plata perteneciente al califa Abderrahman II, pone de manifiesto la ocupación por los musulmanes. Durante la reconquista, con la ocupación de los musulmanes de Uclés, el hijo del rey cristiano Alfonso VI, el infante Don Sancho, huye a refugiarse al castillo de Belinchón, que aunque todavía permanecía en poder de los árabes, mantenía una pequeña comunidad cristiana, muriendo allí, surgiendo la duda de todo ellos ¿corresponderían los restos que aparecieron en las obras de la iglesia a Don Sancho.
CRISTIANOS: En 1145 Belinchón fue conquistado por Alfonso VII " el Emperador" y es donado al Arzobispo de Toledo la mitad de Belinchón, de su término y sus salinas, además de encargarle atraer gente a este lugar para explotar salinas y garantizar la defensa del territorio.
Bajo el reinado de Alfonso VIII, el arzobispo de Toledo Don Cerebruno, concede a Belinchón en 1171 un fuero propio, uno de los más antiguos que se conservan en la provincia de Cuenca, que le permite regir la vida del pueblo y concede a sus habitantes diferentes privilegios y beneficios.
En 1198 el arzobispo de Toledo D.Martin López de Pisuerga, concede a Belinchón un segundo fuero suprimiendo impuestos y favoreciendo el comercio (Firmado por San Julián obispo de Cuenca y canónigo de Toledo).
JUDIOS:Hacia 1290 se realizó en Huete un padrón para determinar las comunidades judías de Castilla y en Belinchón aparecen varias familias judías dedicadas al negocio de la sal.
También existieron poblaciones MORISCAS en Belinchón.