Los Ponce de León utilizaron el castillo como residencia y se tiene constancia de que los Reyes Católicos visitaron la ciudad hospedándose en él.
Esta fortaleza es todo un símbolo para los roteños, prueba de ello es su presencia en el escudo de la Villa.
Este Castillo ha sido posteriormente Hospital y Colegio y actualmente es la sede del Ayuntamiento de Rota y de su Fundación de Turismo.