La tradición cuenta que Alfonso XI se había encomendado a la imagen de la Virgen de Guadalupe, muy venerada, y que había sido encontrada tiempo atrás en las inmediaciones del río Guadalupe. El rey no tuvo ninguna duda sobre la intercesión de la Virgen en la victoria de la batalla del Salado y en agradecimiento mandó construir una iglesia en el lugar donde ya había una modesta ermita. Así se convirtió en el protector del primer santuario dedicada a esta virgen. A partir de ese momento se fue formando alrededor del santuario una puebla reconocida por Alfonso XI como lugar de realengo.
Antes de la ampliación monástica, el santuario se mantuvo como priorato secular durante cuarenta y ocho años en los reinados de Alfonso XI de Castilla y Enrique II de Castilla, bajo patronato real y señorío civil. En 1389 pasó a ser monasterio, según una real provisión expedida por Juan I de Castilla. Sus nuevos moradores fueron los monjes de la Orden Jerónima, una comunidad de 32 miembros procedentes de San Bartolomé de Lupiana.
En 1835 tuvo lugar la exclaustración, quedando la iglesia para uso de parroquia dependiente de Toledo. Años después se declaró al conjunto Monumento Nacional (1879).
Alfonso XIII consignó una Real Orden para la entrega del santuario a los frailes franciscanos, con lo que comenzó una nueva etapa. Pío XII, en 1955, encumbró el santuario a la condición de basílica
Después de la batalla de las Navas de Tolosa en 1212, la hegemonía de los almohades llegó a su fin y tuvieron que replegarse al norte de África. En la península quedó como reino fuerte el reino de Granada. Pero en África los almohades se encontraron con otro enemigo, los benimerines, que una vez conquistados Marruecos, Argelia y Túnez, pusieron los ojos en la península declarando la guerra santa a los reinos cristianos y ocupando las ciudades de Rota, Algeciras y Gibraltar. La oposición les llegó años más tarde, cuando en 1340 se dio la batalla del Salado: Benimerines contra la coalición cristiana castellano-portuguesa al mando de los reyes Alfonso XI de Castilla y Alfonso IV de Portugal. La victoria fue para la coalición cristiana y los benimerines tuvieron que retirarse al norte de África.
(Wikipedia)